Методами молекулярной динамики исследованы конформационные и энергетические характеристики структурного комплекса белка gp41 ВИЧ-1 с моноклональным антителом 10Е8, проявляющим широкую вирусную нейтрализацию. Проведена оценка вкладов аминокислотных остатков белка gp41 и антитела 10Е8 в энтальпийную составляющую свободной энергии образования комплекса. Показано, что критическими для связывания являются остатки Tyr-99, Asp-100, Phe-100a, Trp-100b тяжелой цепи антитела 10Е8 и Trp-672, Phe-673, Arg-683 белка gp41. Полученные результаты формируют продуктивную основу для виртуального скрининга, компьютерного тестирования и разработки новых ингибиторов проникновения ВИЧ-1 – пептидомиметиков антитела 10Е8, обладающих широким спектром нейтрализующей активности.
КАШИН И. А., ТУЗИКОВ А. В., АНДРИАНОВ А. М. МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИНАМИКА СТРУКТУРНОГО КОМПЛЕКСА БЕЛКА GP41 ВИЧ-1 С МОНОКЛОНАЛЬНЫМ АНТИТЕЛОМ 10Е8, ПРОЯВЛЯЮЩИМ ШИРОКУЮ ВИРУСНУЮ НЕЙТРАЛИЗАЦИЮ. Доклады Национальной академии наук Беларуси. 2015;59(1):68-73.
1. Hartley O., Klasse P. J., Sattentau Q. J., Moore J. P. // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2005. Vol. 21. P. 171–189.
2. Sirois S., Sing T., Chou K. C. // Curr. Prot. Pept. Sci. 2005. Vol. 6. P. 413–422.
3. Andrianov A. M. // Expert Opin. Drug Discov. 2011. Vol. 6. P. 419–435.
4. Hoxie J. A. // Annu. Rev. Med. 2010. Vol. 61. P. 135–152.
5. Walker L. M., Burton D. R. // Curr. Opin. Immunol. 2010. Vol. 22. P. 358–366.
6. Kwong P. D., Mascola J. R., Nabel G. J. // Cold Spring Harbor Perspect. Med. 2011. Vol. 1. a007278.
7. McCoy L. E., Weiss R. A. // J. Exp. Med. 2013. Vol. 210. P. 209–223.
8. Vagner J., Qu H., Hruby V. J. // Curr. Opin. Chem. Biol. 2008. Vol. 12. P. 292–296.
9. Floris M., Masciocchi J., Fanton M., Moro S. // Nucl. Acids Res. 2011. Vol. 39, suppl. 2. P. W261–W269.
10. Huang J., Ofek G., Laub L. et al. // Nature. 2012. Vol. 491. P. 406–414.
11. Case D. A., Darden T. A., Cheatham T. E. et al. // AMBER 11, University of California, San Francisco. 2010.
12. Berendsen H. J. C., Postma J. P. M., van Gunsteren W. F. et al. // J. Chem. Phys. 1984. Vol. 81. P. 3684–3690.
13. Ryckaert J. P., Ciccotti G., Berendsen H. J. C. // J. Comput. Phys. 1977. Vol. 23. P. 327–341.
14. Massova I., Kollman P. A. // J. Amer. Chem. Soc. 1999. Vol. 121. P. 8133–8143.
15. Абламейко С. В., Абрамов С. М., Анищенко В. В. и др. Суперкомпьютерные конфигурации СКИФ. Минск, 2005. – 170 с.
