ИССЛЕДОВАНИЕ ТРАНСМЕМБРАННОГО БЕЛКА CD79B МЕТОДОМ МНОГОМЕРНОЙ ИМПУЛЬСНОЙ ЯМР СПЕКТРОСКОПИИ

Панкратова Е. В.; Бритиков В. В.; Усанов С. А.

ИССЛЕДОВАНИЕ ТРАНСМЕМБРАННОГО БЕЛКА CD79B МЕТОДОМ МНОГОМЕРНОЙ ИМПУЛЬСНОЙ ЯМР СПЕКТРОСКОПИИ

Панкратова Е. В., Бритиков В. В., Усанов С. А.

2017

В настоящей работе с использованием системы бесклеточной экспрессии получены меченые стабильными изотопами углерода-13 и азота-15 белки CD79A/CD79B. Установлено, что целевые белки обнаруживаются в осадке бесклеточной системы экспрессии, что согласуется с их мембранной природой и наличием трансмембранного домена в их составе. Определены физико-химические параметры образцов CD79A/CD79B с целью получения многомерных корреляционных ЯМР спектров высокого разрешения. Анализ полученных корреляционных спектров свидетельствует, что CD79B при выбранных условиях находится в неупорядоченном состоянии. Расщепление сигнала от NH- группы боковой цепи единственного остатка триптофана указывает на наличие медленных конформационных превращений в этой области полипептидной цепи. Добавление трифторуксусной кислоты к раствору CD79B в диметил- сульфоксиде приводит к разрушению межмолекулярных связей «белковой мицеллы» и образованию его мономерной формы, хорошо детектируемой ЯМР спектроскопией.

Панкратова Е. В., Бритиков В. В., Усанов С. А. ИССЛЕДОВАНИЕ ТРАНСМЕМБРАННОГО БЕЛКА CD79B МЕТОДОМ МНОГОМЕРНОЙ ИМПУЛЬСНОЙ ЯМР СПЕКТРОСКОПИИ. Доклады Национальной академии наук Беларуси. 2017;61(2):39-50.

Цитирование

Список литературы

1. Amino–acid-type selective isotope labeling of proteins expressed in Baculovirus-infected insect cells useful for NMR studies / A. Strauss [et al.] // Journal of Biomolecular NMR. – 2003. – Vol. 26, N 4. – P. 367–372. doi.org/10.1023/a:1024013111478.

2. Uversky, V. N. Natively unfolded proteins: a point where biology waits for physics / V. N. Uversky // Protein science. – 2002. – Vol. 11, N 4. – P. 739–756. doi.org/10.1110/ps.4210102.

3. Protein disorder and the evolution of molecular recognition: theory, predictions and observations / A. K. Dunker [et al.] // Pac. Symp. Biocomput. – 1998. – Vol. 3. – P. 473–484.

4. Uversky, V. N. Why are “natively unfolded” proteins unstructured under physiologic conditions? / V. N. Uversky, J. R. Gillespie, A. L. Fink // Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. – 2000. – Vol. 41, N 3. – P. 415–427. doi. org/10.1002/1097-0134(20001115)41:3%3C415::aid-prot130%3E3.3.co;2-z.

5. Predicting disordered regions from amino acid sequence / E. Garner [et al.] // Genome Informatics. – 1998. – Vol. 9. – P. 201–213.

6. TOP-IDP-scale: a new amino acid scale measuring propensity for intrinsic disorder / A. Campen [et al.] // Protein and Peptide letters. – 2008. – Vol. 15, N 9. – P. 956–963. doi.org/10.2174/092986608785849164.

7. Uversky, V. N. A decade and a half of protein intrinsic disorder: biology still waits for physics / V. N. Uversky // Protein Science. – 2013. – Vol. 22, N 6. – P. 693–724. doi.org/10.1002/pro.2261.

8. Predicting intrinsic disorder from amino acid sequence / Z. Obradovic [et al.] // Proteins: Structure, Function, and Genetics. – 2003. – Vol. 53, N S6. – P. 566–572. doi.org/10.1002/prot.10532.

9. Uversky, V. N. What does it mean to be natively unfolded? / V. N. Uversky // European Journal of Biochemistry. – 2002. – Vol. 269, N 1. – P. 2–12. doi.org/10.1046/j.0014-2956.2001.02649.x.

10. Dunker, A. K. The protein trinity – linking function and disorder / A. K. Dunker, Z. Obradovic // Nature Biotechnology. – 2001. – Vol. 19, N 9. – P. 805–806. doi.org/10.1038/nbt0901-805.

11. Gazumyan, A. Igβ tyrosine residues contribute to the control of B cell receptor signaling by regulating receptor internalization / A. Gazumyan, A. Reichlin, M. C. Nussenzweig // The Journal of Experimental Medicine. – 2006. – Vol. 203, N 7. – P. 1785–1794. doi.org/10.1084/jem.20060221.

12. Cytoplasmic Igα Serine/Threonines Fine-Tune Igα Tyrosine Phosphorylation and Limit Bone Marrow Plasma Cell Formation / H. C. Patterson [et al.] // The Journal of Immunology. – 2011. – Vol. 187, N 6. – P. 2853–2858. doi.org/10.4049/ jimmunol.1101143.

13. Immunology / R. A. Goldsby [et al.]. – New York: W. H. Freeman and Company, 2003. – 603 p.

14. Lanier, L. L. NK cell recognition / L. L. Lanier // Annu. Rev. Immunol. – 2005. – Vol. 23, N 1. – P. 225–274. doi. org/10.1146/annurev.immunol.23.021704.115526.

15. Structural and functional studies of Igαβ and its assembly with the B cell antigen receptor / S. Radaev [et al.] // Structure. – 2010. – Vol. 18, N 8. – P. 934–943. doi.org/10.1016/j.str.2010.04.019.

16. Rational improvement of cell-free protein synthesis / A. Pedersen [et al.] // New biotechnology. – 2011. – Vol. 28, N 3. – P. 218–224. doi.org/10.1016/j.nbt.2010.06.015.

17. NMRPipe: a multidimensional spectral processing system based on UNIX pipes / F. Delaglio [et al.] // Journal of Biomolecular NMR. – 1995. – Vol. 6, N 3. – P. 277–293. doi.org/10.1007/bf00197809.

18. Peri, S. GPMAW – a software tool for analyzing proteins and peptides / S. Peri, H. Steen, A. Pandey // Trends in Biochemical Sciences. – 2001. – Vol. 26, N 11. – P. 687–689. doi.org/10.1016/s0968-0004(01)01954-5.

19. Thermal stability and folding kinetics analysis of disordered protein, securin / H. L. Chu [et al.] // Journal of Thermal Analysis and Calorimetry. – 2014. – Vol. 115, N 3. – P. 2171–2178. doi.org/10.1007/s10973-013-3598-x.

20. Keller, R. Computer-aided resonance assignment (CARA) / R. Keller, K. Wuthrich. – Cantina, Switzerland: Verlag Goldau, 2004. – 81 p.

21. Highly efficient NMR assignment of intrinsically disordered proteins: application to B- and T-cell receptor domains / L. Isaksson [et al.] // PloS One. – 2013. – Vol. 8, N 5. – P. e62947. doi.org/10.1371/journal.pone.0062947.

Источник

Информация

Автор

Панкратова Е. В. Институт биоорганической химии НАН Беларуси, Минск
Бритиков В. В. Институт биоорганической химии НАН Беларуси, Минск
Усанов С. А. Институт биоорганической химии НАН Беларуси, Минск

Страницы

39-50

Год издания

2017

Ключевые слова

Коллекции

Доклады Национальной академии наук Беларуси